Das Max-von-Pettenkofer-Institut (Eigenschreibweise: Max von Pettenkofer-Institut) ist ein Forschungs- und Universitätslabor für Hygiene und Medizinische Mikrobiologie der Ludwig-Maximilians-Universität München in München. Es führt Laboruntersuchungen zu Infektionskrankheiten aller Art durch. Außerdem hygienisch-mikrobiologische Untersuchungen zur Qualitätssicherung in medizinischen Einrichtungen gemäß der Richtlinie für Krankenhaushygiene und Infektionsprävention.
Durch die Veröffentlichung von Forschungsergebnissen im Bereich der Infektionskrankheiten findet das Institut internationale Beachtung.