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| Meistriliiga 1999 | |
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| Meister | FC Levadia Maardu |
| Champions-League- Qualifikation |
FC Levadia Maardu |
| UEFA-Pokal- Qualifikation |
JK Tulevik Viljandi FC Flora Tallinn |
| UI-Cup | JK Trans Narva |
| Pokalsieger | FC Levadia Maardu |
| Relegation ↓ | Lelle SK |
| Absteiger | JK Eesti Põlevkivi Jõhvi |
| Mannschaften | 8 |
| Spiele | 112 + 2 Relegationsspiele (davon 2 strafverifiziert) |
| Tore | 324 (ø 2,95 pro Spiel) (ohne strafverifizierte Spiele) |
| Torschützenkönig |  Toomas Krõm(FC Levadia Maardu) |
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Esiliiga 1999 (II) ↓
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Die Meistriliiga 1999 war die neunte Spielzeit der höchsten estnischen Fußball-Spielklasse der Herren, der Meistriliiga. Gespielt wurde regulär vom 14. April bis zum 27. Oktober 1999, die beiden Relegationsspiele fanden am 6. und 14. November 1999 statt.