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Miles Joseph Berkeley (* 1. April 1803 in Biggin Hall, Northamptonshire, England; † 30. Juli 1889 in Sibbertoft bei Market Harborough, Northamptonshire) war ein englischer Geistlicher und Botaniker. Er beschäftigte sich hauptsächlich mit den „Kryptogamen“, insbesondere mit Algen, Pilzen und Moosen. Berkeley gilt außerdem als „Vater“ der britischen Pflanzenpathologie.
Sein offizielles botanisches Autorenkürzel lautet „Berk.“.