Minamisaku-gun (jap.: 南佐久郡, dt. „Süd-Saku-gun“) ist ein Landkreis (gun) in der Präfektur Nagano auf der japanischen Hauptinsel Honshū. Minamisaku-gun hat eine Fläche von 767,32 km², 27.225 Einwohner und eine Bevölkerungsdichte von 35,5 Einwohnern pro km² (Stand: 1. März 2010). Ihm gehören sechs Kommunen an. Diese sind die Städte (machi) Koumi und Sakuho und die Dörfer (mura) Kawakami, Kitaaiki, Minamiaiki und Minamimaki.