Die Nakatomi (japanisch 中臣氏, Nakatomi-uji) waren eine alte Familie, die sich von Ame no Koyane no mikoto (天児屋命), einem treuen Diener der Sonnengöttin Amaterasu, ableitete. Von ihnen stammten die Fujiwara ab.
Die Nakatomi waren am Kaiserhof für die religiösen Riten verantwortlich, u. a. dem halbjährlichen großen Reinigungsritual Nakatomi no harae (中臣祓).[1] Ihr Name der in etwa „Hofbeamter/-adliger der Mitte“ bedeutet, soll sich dabei darauf beziehen, dass der Klan zwischen Mensch und Kami (Göttern) vermittelte.[2] 684 erhielt die Familie den zweithöchsten Rang asomi. Die Nakatomi hielten den Posten des Präsidenten oder stellvertretenden Präsidenten des Jingikan (Götteramt) inne, wobei letzterer zu Anfang der Heian-Zeit (d. h. Ende 8./Anfang des 9. Jahrhunderts) auch in Personalunion Oberhaupt des Ise-Schreins war.[3] Zu dieser Zeit nannte sich ein Großteil der Familie Ōnakatomi (大中臣氏, „Groß-Nakatomi“).[2]
Während der Heian-Zeit verloren sie an die ihnen ursprünglich dienenden Urabe an Einfluss.[3] Ein anderer Rivale war der Inbe-Klan der ebenfalls für religiöse Dienste am Hof verantwortlich war, aber während der Heian-Zeit von den Nakatomi verdrängt wurde, was Inbe no Hironari dazu veranlasste das Geschichtswerk Kogo Shūi zu verfassen, das den Konflikt beider Klans beschreibt.