Die Naturtonreihe ist eine nach aufsteigender Tonhöhe angeordnete Reihe der Töne, die auf Blasinstrumenten, aber auch auf fast jedem Rohr oder Schlauch ohne Verkürzung oder Verlängerung der schwingenden Luftsäule nur durch unterschiedliche Art des Anblasens hervorgebracht werden können. In ihren Frequenzbeziehungen stimmt die Naturtonreihe wie die Flageoletttonreihe mit der Teiltonreihe, auch Obertonreihe genannt, im Wesentlichen überein. Jedoch erklingen Naturtöne wie die Flageoletttöne real, während man von Teiltönen nur als Bestandteilen eines musikalischen Tons (d. h. eines akustischen Klangs) spricht.
Die Töne von Blasinstrumenten stammen von stehenden Wellen, die sich im Instrument bilden. Die Wellenlänge des ersten (tiefsten) Naturtons, des Grund- oder Pedaltons, ist bei den meisten Blasinstrumenten das Doppelte, bei bestimmten Rohrblattinstrumenten (Klarinette) das Vierfache der Luftsäulenlänge. Durch sogenanntes Überblasen können oberhalb des Grundtons verschiedene weitere Eigenfrequenzen der Luftsäule angeregt, also verschiedene Naturtöne erzeugt werden. Eine besonders große Rolle spielen Naturtöne bei ventillosen Blasinstrumenten wie Naturhorn, Naturtrompete oder Alphorn.
Das den Naturtönen physikalisch verwandte Phänomen bei Saiteninstrumenten sind die Flageoletttöne.