Per Fly (* 14. Januar 1960 in Skive, Dänemark) ist ein dänischer Filmregisseur.
1993 schloss er erfolgreich sein Studium an der Dänischen Filmschule in Kopenhagen ab. Er gewann zahlreiche dänische Filmpreise (Bodil/Robert) für den besten Film und die beste Regie mit seiner Film-Trilogie Die Bank, Das Erbe und Totschlag – Im Teufelskreis der Gewalt.
Er hat zusammen mit seiner Frau, der Schauspielerin Charlotte Fich, zwei Söhne.