Die römisch-katholische Pfarrkirche St. Thomas bei Waizenkirchen steht in der Gemeinde St. Thomas im Bezirk Grieskirchen in Oberösterreich. Die auf den heiligen Thomas geweihte Kirche gehört zum Dekanat Peuerbach in der Diözese Linz. Die Kirche und der Kirchhof stehen unter Denkmalschutz.