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Das pythagoreische Komma ist in der Musik ein Intervall von ≈ 23,46 Cent, welches nicht als selbständiger musikalischer Tonschritt gebraucht wird. (Zum Vergleich: Ein Achtelton = 25 Cent). Während in der heute gebräuchlicheren gleichstufigen Stimmung sieben (reine) Oktaven genau zwölf (gleichstufigen) Quinten entsprechen, gibt es in der frühen Pythagoreischen Stimmung (oder auch bei der reinen Stimmung) einen Unterschied zwischen sieben (reinen) Oktaven und zwölf (reinen) Quinten.
- Nach Definition: pythagoreisches Komma = 12 Quinten − 7 Oktaven.
Dieser Unterschied wird in der gleichstufigen Stimmung gleichmäßig auf die zwölf Quinten verteilt. Man erhält dabei eine Temperierung, bei der sich diese gleichstufigen Quinten (700 Cent) nur unwesentlich von den reinen Quinten (≈ 701,96 Cent) unterscheiden. Jedoch unterscheiden sich die gleichstufigen Terzen (300 bzw. 400 Cent) – und das wird häufig übersehen – deutlich hörbar von den reinen Terzen (kleine Terz ≈ 315,64 bzw. große Terz ≈ 386,31 Cent). Das syntonische Komma, der Unterschied zwischen der pythagoreischen und der reinen Terz (≈ 407,82 − ≈ 386,31 ≈ 21,51 Cent) ist fast gleich dem pythagoreischen Komma.
Praktische Relevanz erhält das Komma beim Stimmen von Instrumenten mit festen Tonhöhen. Darunter fallen zum Beispiel Tasteninstrumente sowie Saiteninstrumente mit Bünden.