Rupert Huter (* 26. September 1834 in Kals in Osttirol; † 11. Februar 1919 in Ried bei Sterzing) war ein österreichischer katholischer Priester, Kooperator und Botaniker. Er vermachte dem Vinzentinum in Brixen ein für die wissenschaftliche Forschung bedeutendes Herbarium.
Sein offizielles botanisches Autorenkürzel lautet „Huter“.