Samwel Babajan (Armenisch: Սամվել Բաբայան; * 5. März 1965 in Stepanakert, Autonomes Gebiet Berg-Karabach, Aserbaidschanische Sozialistische Sowjetrepublik) ist ein ehemaliger armenischer Militärkommandant und Politiker, der sich am Berg-Karabach Krieg Anfang der 1990er Jahre beteiligt hat. Nach dem Krieg diente er bis Ende 1999 als Verteidigungsminister der international nicht anerkannten „Republik Bergkarabach“. In dieser Zeit stieg Babajan zum mächtigsten Mann innerhalb des Karabacher Machtzirkels auf, der großen Einfluss auf die Regierung hatte und die Wirtschaft kontrollierte.[1]