Stephan III. (* um 1172, † 16. März 1241 in Marnay) war ein Graf von Auxonne und Chalon-sur-Saône (iure uxoris) aus dem Haus Burgund-Ivrea. Er war ein Sohn des Grafen Stephan II. von Auxonne († 1173) und der Judith von Lothringen, einer Tochter des Herzogs Matthäus I. von Lothringen.