Die Eukaryoten sind eine der drei Gruppen (Taxa) höchster Stufe, in die die Biologie die Lebewesen einteilt. Die anderen beiden Taxa stellen die Bakterien und die Archaeen dar. Die Systematik der Eukaryoten untergliedert dieses umfangreiche Taxon weiter. Obwohl die Systematik der Eukaryoten in großen Teilen instabil und umstritten ist, gilt aktuell die auf Adl et al. 2005 basierende und von derselben Arbeitsgruppe 2012 revidierte Klassifikation, die in Zusammenarbeit mit einer Reihe namhafter Wissenschaftler (unter dem Dach der International Society of Protistologists) und unter Zuhilfenahme sämtlicher taxonomisch relevanter Literatur erarbeitet wurde, als anerkannt. Die neueste Ausgabe wurde 2019 publiziert.
Das System von Adl et al. basiert vornehmlich auf phylogenetischen Untersuchungen und ist entsprechend aufgebaut. Es enthält somit keine Kategoriebezeichnungen der verschiedenen Taxa und benennt auf gleicher Ranghöhe Organismengruppen, die entsprechend der klassischen Systematik auf unterschiedlichen taxonomischen Ebenen angesiedelt werden. Obwohl im Kern ranglos angelegt, gibt es (in der Tabelle 1 auf Seite 8 und 9 der Arbeit) eine Einstufung zahlreicher Taxa als Phylum (P), Klasse (class, C) und Ordnung (O), das System ist also weitgehend kompatibel mit der auf Rängen basierenden klassischen Linné’schen Taxonomie. Diese Einstufung wird in der folgenden Liste nicht dargestellt. Das System beruht auf dem Prinzip der Priorität (nachdem für dieselbe taxonomische Gruppe der älteste verfügbare Name verwendet werden sollte), folgt aber nicht den Regeln der verschiedenen Nomenklaturcodes (also Internationaler Code der Botanischen Nomenklatur bzw. Internationale Regeln für die Zoologische Nomenklatur), so werden zum Beispiel für eine bestimmte Rangstufe verbindliche Endungen der Namen nicht berücksichtigt oder angepasst. Monotypische höhere Ränge werden prinzipiell vermieden (also Taxa höheren Rangs, die nur ein Untertaxon enthalten, etwa eine Familie, Ordnung oder Klasse, die nur eine Art enthält). Als niedrigster Rang solcher monotypischer Gruppen wird allerdings jeweils die Gattung angegeben, d. h. auch dann, wenn diese bisher nur eine Art umfasst.