Die Hochwasser der Thaya und March im Jahr 2006 betrafen die Einzugsgebiete der deutschen und der mährischen Thaya und auch die March im Laufe des Jahres zweimal an verschiedenen Orten und unterschiedlichen Auswirkungen. Geografisch lagen die Schadensgebiete im österreichischen Niederösterreich, im tschechischen Jihomoravský kraj, sowie im slowakischen Bratislavský kraj.