2017 wurde Thabanes getrennt lebende Ehefrau ermordet; Thabane heiratete kurz darauf seine Freundin. Im Januar 2020 verkündete er, dass er zurücktreten wolle, nachdem gegen seine Frau ein Haftbefehl wegen Mordverdachts an Thabanes Ex-Frau ausgestellt worden war. Im Februar 2020 gab die Polizei bekannt, dass Thabane selbst wegen Mordes beschuldigt werde.[4] Am 19. Mai 2020 trat er als Premierminister zurück; er führte jedoch die ABC weiter bis Anfang 2022.[5]
Er wurde im November 2021 formell wegen Mordes an seiner Frau angeklagt[6], die Ermittlungen gegen Thabane wurden Ende Juli 2022 ergebnislos eingestellt.[7]