Thomas Wagner, ab 1790 von Wagner und ab 1812 Freiherr von Wagner (* 26. Juli 1759 in Leipzig; † 16. Dezember 1817 in Dresden), war ein kurfürstlich-sächsischer Beamter, vor allem auf dem Gebiet des Bergbaus, zuletzt im Rang und mit den Titel eines Geheimen Finanzrates.