Der UEFA Intertoto Cup 2006 brachte einige Neuerungen mit sich. Neu gab es nur noch drei anstatt fünf Qualifikationsrunden und es qualifizierten sich elf Teams für die zweite Qualifikationsrunde des UEFA-Pokals (anstelle drei Teams, die sich für die 1. Runde qualifizieren).
Der italienische Fußballverband verzichtete aufgrund des Skandals in der Serie A auf seinen Platz. Stattdessen durfte Frankreich, vertreten von AJ Auxerre einen zweiten Vertreter entsenden, der in der dritten Runde diesen Platz einnahm.
Der deutsche Starter für den UI-Cup 2006 war Hertha BSC, einer der elf Sieger, die sich für den UEFA-Cup qualifizierten. Österreich schickte die SV Ried, die Schweiz den Grasshopper Club Zürich ins Rennen. Für Luxemburg startete der CS Grevenmacher im UI-Cup. Liechtenstein besaß kein Startrecht.
Zürich und Ried stiegen in Runde 2, Berlin in Runde 3 ein; Grevenmacher begann bereits in der ersten UI-Cup-Runde.
Um die Reisekosten für die Vereine niedrig zu halten, wurden alle Mannschaften nach geografischen und logistischen Gründen in drei Gruppen aufgeteilt: Nord-, Mittel- und Südeuropa.[1] Um die ungerade Teilnehmerzahl in den Gruppen auszugleichen, galten für den Wettbewerb 2006 folgende Änderungen: Luxemburg (ab Runde 1) und Belgien (ab Runde 3) zählten zu Mitteleuropa und Ungarn (ab Runde 2) zu Südeuropa.