Werner I. von Habsburg (* 975/980?; † 28. Oktober 1028 in Konstantinopel) war Bischof von Straßburg von 1001 bis 1028.
Werner stammte aus dem Geschlecht der Habsburger und ist der Sohn des Landolt (vielleicht Lanzelin; † 991) und Bruder des Burggründers Radbot († 1045).