Werner Ende (* 22. September 1937 in Wittenberg; † 6. August 2024 in Freiburg) war ein deutscher Islamwissenschaftler. Er war von 1977 bis 1983 Professor für Gegenwartsbezogene Islamwissenschaft an der Universität Hamburg und hatte anschließend bis 2002 den Lehrstuhl für Islamwissenschaft an der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg inne.