Paragvajo havas faŭnan kaj flaŭran riĉegon rilate al la konverĝo de ses ekoregionoj en sia teritorio. Tiuj ĉi etendiĝas ankaŭ en la najbaraj ŝtatoj.
La ekoregionoj estas tre malsamaj. La duonarida klimato karakterizas la okcidenton, la grandegaj inundeblaj zonoj kiuj konstituas Pantanalon, la nordorienton. Laŭlonge de Paragvajo disvolviĝas subtropikaj malsekejoj, karakterizataj de vastas akvejoj kiaj Ipoao.
En la norda zono de la Orienta Regiono troviĝas la subtropikaj savanoj de Cerado, dum ke en la oriento de la lando ĝis la riverbordo de Parano etendiĝas la Atlantikaj arbaroj, unu el la biodiversece plej riĉaj regionoj en la mondo, samtempe unu el la plej minacataj tutmondaj 200-regionoj, difinitaj fare de la Monda Natur-Fonduso (WWF) por esti prioritataj pri la naturprotekto. Fine, la suda zono, havas ebenaĵojn kun pli modera klimato.