Eugene Merle SHOEMAKER (naskiĝis la 28-an de aprilo 1928, en Los-Anĝeleso, mortis la 18-an de julio 1997, en Alice Springs) estis usona astronomo. Li estas unu el la fondintoj de la planedoscienco kaj estas fama kiel kunmalkovrinto de la kometo Shoemaker-Levy 9, kun sia edzino Carolyn S. Shoemaker kaj David H. Levy.