Jinja kuŝas en la Distrikto Jinja, Busoga sub-regiono, en Orienta Ugando, proksimume ĉe 81 km, laŭ ŝoseo, oriente de Kampalo, la ĉefurbo de Ugando, kaj la plej granda urbo en tiu lando.[1] Jinja kuŝas laŭlonge de la nordaj bordoj de la Lago Viktorio, ĉe la fontoj de la Rivero Nilo.[2]