La sekundara strukturo estas la tridimensia aranĝo de lokaj partoj de grandaj molekuloj (kutime proteino aŭ nuklea acido). Oni emfazas, ke temas pri lokaj partoj, pro tio ke la preciza pozicio de ĉiuj atomoj de molekulo en la tri-dimensia spaco ne estus la sekundara, sed la terciara strukturo.
Se la sola struktura trajto de proteinoj estus la aminoacida sinsekvo (primara strukturo), la molekuloj konsistus el longaj ĉenoj volviĝintaj en hazardajn formojn. Eksperimentoj montras ke ne estas tiel. En la medio, proteinoj faldiĝas spontane, kun sinsekvoj de hidrofobaj aminoacidoj turniĝintaj interne kaj vicoj de hidrofilaj aminoacidoj turniĝintaj ekstere. La interno, la kerno de globecaj akvo-solveblaj proteinoj estas ĉiam hidrofobia kaj la ekstero estas ĉiam hidrofila - hidrofoba kerno kaj hidrofila surfaco. Tio ĉi okazas, ĉar formiĝas regulaj sekundaraj strukturoj. Membran-proteinoj (proteinoj kiuj lokiĝas en biologiaj membranoj) havas prefere hidrofobajn aminoacidoj apud la membran-surfaco, ĉar membranoj esence konstituiĝas de gras-acidoj (do la hidrofobaj regionoj alproksimiĝas).