Los clubes indirectamente afiliados a la AFA son alrededor de 3500 instituciones de toda la Argentina, nucleados en las ligas regionales que dependen del Consejo Federal, organismo de la Asociación del Fútbol Argentino.[1] Además de competir en sus ligas, participan de los torneos organizados por dicho Consejo, que son el Torneo Federal A y el Torneo Regional Federal Amateur, los que constituyen, respectivamente, la tercera y cuarta categorías, exclusivas para estos equipos. A su vez hay algunos que, por mérito deportivo, disputan los torneos superiores organizados directamente por la AFA, la Primera División de Argentina y la Primera B Nacional.
Estas instituciones comenzaron a competir en los certámenes de alcance nacional con la creación de la Copa de la República —jugada entre 1943 y 1945, y antecesora de la Copa Argentina—, pero recién lo hicieron de manera orgánica cuando en 1967 fue creado el Torneo Nacional, al que clasificaban por medio del Torneo Regional o a través de las plazas fijas. Luego unos pocos fueron agregados a las competencias regulares —esto es porque en ellas estaba establecido el sistema de ascensos y descensos— a partir de 1980, en virtud de la Resolución 1309, para finalmente ser incorporados a la pirámide de las competiciones oficiales del fútbol argentino con la reforma de los torneos que comenzó en la Primera División en el año 1985 y que para el resto de las categorías, fue implementada en 1986, cuando se creó el Torneo Nacional B, como punto de convergencia de las dos vertientes que alimentan las máximas categorías.
La otra rama está constituida por los 88 equipos que por cuestiones geográficas e históricas se encuentran directamente afiliados a la AFA, y por tanto fuera de la órbita del Consejo Federal.
Los únicos clubes indirectamente afiliados a AFA que lograron coronarse en torneos superiores son: San Martín (Tucumán), ganador de la Copa de la República 1944 —copa nacional de primera división—, Atlético Tucumán, campeón de la Copa Campeonato de Campeones de la República Argentina de 1960, Talleres (Córdoba), campeón de la Copa Conmebol 1999 —copa internacional organizada por la confederación homónima—, Patronato, campeón de la Copa Argentina 2022, y Central Córdoba (Santiago del Estero), campeón de la Copa Argentina 2024.
A continuación se listan algunos de los más de 3000 clubes indirectamente afiliados a la AFA.