La Final de la Copa Toyota Libertadores 2004 fue la fase culminante de la competición que determinó al 45.º campeón.
El campeón, Once Caldas, obtuvo una plaza para disputar la Copa Intercontinental 2004. También disputó la Recopa Sudamericana 2005, nuevamente contra Boca Juniors como vigente campeón de la Copa Sudamericana 2004 y además clasificó a la Fase de grupos de la Copa Libertadores 2005.