La fauna de Indonesia está caracterizada por niveles altos de biodiversidad y endemicidad debido a su distribución sobre un archipiélago tropical vasto.[1] Indonesia divide a dos regiones ecológicas; Indonesia occidental cuál es más influido por fauna asiática, y el del este, cuál es más influido por especies de Australasia.
Línea de Wallace, alrededor de la cual se encuentra la Wallacea región de transición, en teoría divide las dos regiones.[2] Hay amplia gama de ecosistemas, incluyendo las playas, dunas, estuarios, manglares, arrecifes de coral, los lechos de algas marinas, costeras, pantanos, marismas, camas de algas, y la pequeña isla de los ecosistemas.
Las cuestiones ambientales debido a la rápida industrialización y el crecimiento de población de Indonesia, han visto más baja prioridad dada a la preservación de los ecosistemas. Los problemas incluyen la tala ilegal, con el resultado de la deforestación, y un alto nivel de urbanización, la contaminación del aire, la gestión de la basura y los servicios de agua de desecho también contribuyen al deterioro de los bosques.