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Un puerto natural es una hendidura en una costa, como una ensenada, bahía, estuario, fiordo, etc. permitiendo que los barcos atraquen y se refugien allí. El calado y las dimensiones del puerto natural que permitan las maniobras (atraque, marcha atrás, etc.) determinarán el tamaño de las embarcaciones que podrán utilizarlo.
Un puerto natural puede ser parcial o totalmente artificializado posteriormente ; se opone a los puertos construidos ex nihilo, ya sea creando muelles mediante el dragado y excavación del litoral o construyendo diques y escolleras frente a él.