En criptografía, el método de los puzles de Merkle (del inglés, Merkle's puzzles) constituye un protocolo de intercambio de claves, es decir, un protocolo para intercambiar claves criptográficas de manera segura. Se basa en la elaboración de «puzles», problemas computacionales de complejidad moderada, que dificultan que un tercero que intercepte la comunicación obtenga la clave.
Los puzles de Merkle utilizan exclusivamente criptografía simétrica, a diferencia de la mayoría de protocolos de intercambio de claves actuales. Sin embargo son menos eficientes que estos y no se usan en la práctica. El método de Merkle constituye el primer protocolo de intercambio de claves de la historia, y debe su nombre a Ralph Merkle, quien lo desarrolló en 1974.