Biokile (inglise keeles biofilm) on limakihiga ümbritsetud mikroorganismide kooslus, mis tekib piirpindadele. Enamasti tekivad nad veepinnale või vee ja tahke faasi piirile. Põhimõtteliselt võib biokile tekkida igasugustele pindadele, ka näiteks õlitilgakestele vees. Piirpinda, millele biokile tekib, nimetatakse substraadiks.
Biokiledesse koondusid mikroorganismid juba väga ürgsel ajal. Vanimad seni leitud fossiilid, umbes 2,7 miljardi aasta vanused stromatoliidid on tekkinud nn mikroobsete mattide (biokile tüüp) kivistumisel. Mõned uurijad arvavad koguni, et esimesed mikroobid tekkisid biokiles,[1] samas kui teised leiavad, et üksikult elamine ja biokile moodustamine eksisteerisid kõrvuti.[2] Enamik mikroorganisme elab keskkonnas biokiles.[2][3]
Hammastele tekkivat biokilet nimetatakse katuks.