Patogeen (ka patogeenne mikroob, tõvestav mikroob) on mikroorganism, harvem ka keemiline aine, mis kutsub taim- või loomorganismis esile haigusi.
Mikroorganismidena võivad patogeenid olla mitmed bakterid, seened, vetikad ja parasiidid[1], aga ka viirused ja prioonvalgud.
Nende toodetavaid mürgiseid aineid nimetatakse mikroobitoksiinideks.