Stuart Alan Kauffman (sündinud 28. septembril 1939) on Ameerika bioloog ja keerukate süsteemide uurija.
Ta on tegelenud iseorganiseeruvuse teooriaga, teoreetilise bioloogiaga ning teadusfilosoofiaga.
Ta on põhjendanud, et iseorganiseeruvus on evolutsioonis vähemalt sama tähtis faktor kui looduslik valik. Koos elu tekkega on toimunud radikaalne emergentne muutus, kus ilmuvad elu poolt loodud reeglipärad, mis küll alluvad füüsikaseadustele, kuid pole neist tuletatavad.
28. aprillil 2012 esines Stuart Kauffman ühe peaesinejana Tartus toimunud ESSSATi konverentsil "What is Life?" ja viis päev varem läbi seminari Tartu Ülikooli semiootika osakonnas. Augustis 2015 osales ta Tartus toimunud Tartu Semiootika Suvekoolis.