Tupe mikrofloora ehk mikrobioota moodustavad naise sugutraktis elutsevate bakterite kooslused, mis võivad olla nii kasulikud kui ka kahjulikud.
Tupe mikrofloorat on viimastel aastatel üha rohkem uuritud naistel, kes on jõudnud reproduktiivsesse ikka. Väga suurt rõhku on pööratud just rasedusega seotud uuringutele neil naistel, kellel varem on esinenud rasedusega seotud tüsistusi, või naistel, kes on raseduse jooksul kokku puutunud eri haigusi põhjustavate mikroobidega.[1]
Naise sugutraktis on leitud väga suur hulk mikroobe, kelle olemasolu avaldab mitmesugust mõju inimorganismi arengule, füsioloogiale ja immuunsusele. Tupe mikrofloora muutub indiviidi elu jooksul pidevalt, erinedes drastiliselt näiteks raugaeas ja reproduktiivses eas naistel. Noorukieas enne puberteeti ja üleminekueas (klimakteeriumis) menstruatsiooni lõppedes on tupe mikrofloora üsnagi stabiilne. Tupes resideerivad mikroobid on vastastikustes suhetes peremees- ehk inimorganismiga. Peremeesorganism pakub neile mikroobidele kasvuks vajalikke toitaineid, mille kaasabil moodustatakse inimese kaitseks vajalik barjäär ohtlike bakterite vastu. Tupe (vagiina) sisekeskkond on praktiliselt anaeroobne ehk hapnikuta.[1][2]
Tupe residentmikrofloorasse kuuluvad:[3]