Vesinikul on kolm looduslikku isotoopi: 1H, 2H ja 3H. Vesinik on ainus element, mille isotoopidel on erinevad nimetused.
Prootium (1H ehk tavaline vesinik H massiarvuga 1) on looduses kõige enam levinud isotoop (99,98%), mille tuumas ei ole ühtki neutroni
Deuteerium (2H ehk D massiarvuga 2) on teine stabiilne isotoop , mille aatomituumas on 1 prooton ja 1 neutron. Deuteerium moodustab 0,0026–0,0184% looduslikust vesinikust. Oluliselt deuteeriumiga rikastatud vett nimetatakse raskeks veeks.