Denitrifikaatio on biologinen prosessi, jossa anaerobiset bakteerit hajottavat nitraatteja ja nitriittejä typpikaasuksi tai vaihtoehtoisesti typpioksidiksi. Denitrifikaatio vapauttaa siten typpeä ilmakehään.[1] Denitrifikaatiota suorittavia bakteereita kutsutaan denitrifikaatiobakteereiksi.