Emmanuel Nunes (31. elokuuta 1941 Lissabon – 2. syyskuuta 2012[1]) oli portugalilainen säveltäjä.
Nunes opiskeli Lissabonissa ja sai ulkomailla opetusta Henri Pousseur’lta, Karlheinz Stockhausenilta ja Pierre Boulezilta. Hän sai urallaan useita palkintoja, kuten Prémio Pessoan vuonna 2000. Hänestä tehtiin vuonna 1986 Ranskassa Ordre des Arts et des Lettresin jäsen, ja vuodesta 1991 hän oli Ordem de Sant'Iago da Espadan komentaja.
Nunes on hoitanut useita opettajanvirkoja ja toimi vuodesta 1992 Pariisin konservatorion sävellyksenprofessorina.