Happamoituminen tarkoittaa elinympäristön kuten järven tai metsämaan vähentynyttä kykyä neutraloida happoja, minkä seurauksena pH alenee eli vesi tulee happamaksi. Happamoituminen on luonnollinen prosessi kasvien vaihtaessa maan ravinnekationeja vetyioneihin sekä ilman hiilidioksidin liuetessa maaveteen hiilihapoksi. Happamoitumista aiheuttaa myös happamoittavien yhdisteiden laskeuma, jota tulee luonnon lähteiden lisäksi merkittäviä määriä ihmistoiminnan seurauksena. Happamoitumisesta on monin paikoin muodostunut vakava ympäristöongelma, koska maan alentunut pH-tila heikentää anionisten ravinteiden saatavuutta kasveille ja lisää monille eliöille myrkyllisten alumiini- ja raskasmetallikationien liukoisuutta.
Happamoittavia yhdisteitä ovat esimerkiksi typen oksidit, rikkidioksidi ja kasvien erittämät orgaaniset hapot. Mainittuja oksideja vapautuu energiantuotannon, teollisuuden ja liikenteen polttoaineista sekä tulivuorten purkauksista. Maaperän typpimäärää lisää myös lannoitteiden käyttö maanviljelyssä. Ammoniakkia tulee pääasiassa maanviljelyn lannoitteista ja varsinkin huonosti säilötystä karjanlannasta. Ilmavirtaukset saattavat viedä päästöistä johtuvat happamat tai happamoittavat yhdisteet jopa tuhansien kilometrien päähän, jolloin saasteen tuottaja ei ole välitön kärsijä.
Typpiyhdisteiden käyttö aiheuttaa happamoitumisen lisäksi myös vesistöjen rehevöitymistä. Rehevöitymisestä seuraa mm. vesistöjen samenemista, vesikasvien ja leväkukintojen määrän lisääntymistä, talvista happikatoa sekä muutoksia ja uhkia ekosysteemiin.