Hondurasin historia alkoi noin 10 000 vuotta sitten, kun ensimmäiset asukkaat tulivat alueelle. Mayat saapuivat Hondurasiin 400-luvulla ja loivat alueen ensimmäisen korkeakulttuurin. Copánin kaupunki oli merkittävä mayakeskus, joka kuitenkin hylättiin mayojen huippukauden aikana. Vuonna 1502 Kristoffer Kolumbus saapui Hondurasin rannikolle ja antoi sille sen nykyisen nimen. Espanjalaiset asuttivat Hondurasin vähitellen. Alueelta löydettiin kultaa ja hopeaa 1530-luvulla, minkä jälkeen espanjalaiset vakiinnuttivat asemansa Hondurasissa. Vuosisadan lopulla kaivosteollisuus taantui ja alue ajautui rappiolle.
Englantilaiset merirosvot ja siirtolaiset aiheuttivat epävakautta 1600- ja 1700-luvuilla. Lontoon sopimus 1786 myönsi rannikkoalueet espanjalaisille, mutta pian tämän jälkeen Hondurasissa alkoivat levitä itsenäistymisajatukset. Keski-Amerikan tasavallat itsenäistyivät Espanjasta vuonna 1821 ja liittyivät pian tämän jälkeen Meksikon keisarikuntaan, josta erosivat 1823, ja perustivat Keski-Amerikan liittotasavallan. Liittotasavalta kaatui sisäisiin erimielisyyksiin, ja Honduras itsenäistyi 13. marraskuuta 1838.
Hondurasin itsenäisyyden aikaa ovat luonnehtineet useat vallankaappaukset. Vallasta ovat taistelleet kaksi poliittista liittoumaa, konservatiivit ja liberaalit. Lisäksi Hondurasin rajanaapurit Guatemala, El Salvador ja Nicaragua ovat useasti puuttuneet Hondurasin sisäisiin asioihin. Hondurasista tuli 1900-luvun alussa niin sanottu banaanitasavalta, kun yhdysvaltalaiset banaaniyhtiöt United Fruit Companyn johdolla tulivat maahan. Ne vaikuttivat runsaasti Hondurasin politiikkaan ja talouteen 1950-luvulle asti. Pian tämän jälkeen Hondurasin asevoimat kaappasivat ensimmäisen kerran oma-aloitteisesti vallan ja asettivat maan johtoon Oswaldo López Arellanon johtaman sotilasjuntan.
Juntan aikakaudella 1969 Honduras kävi El Salvadoria vastaan lyhyen jalkapallosodan, joka vaurioitti maiden taloutta. Honduras palasi siviilihallintoon vuonna 1981, kun Roberto Suazo Córdova valittiin uudeksi presidentiksi. Samaan aikaan maassa oli yhdysvaltalaisia sotilasyksiköitä, jotka kouluttivat elsalvadorilaisia sotilaita ja niin sanottuja contria vastustamaan vasemmiston leviämistä. Vuosikymmenen lopulla Iran-Contra-skandaalin jälkeen contrat ajettiin maasta. Hondurasissa alkoi 1990-luvulla Carlos Roberto Reinan aikakaudella yhteiskunnan demilitarisointi, ja asevoimatkin siirrettiin siviilijohtoon. Maan muutenkin heikko talous koki kovan takaiskun vuonna 1998, kun hurrikaani Mitch iski maahan. Manuel Zelaya alkoi viedä Hondurasia vasemmalle, ja hänet syrjäytettiin 2009. Honduras suljettiin vähäksi aikaa kansainvälisestä yhteistyöstä, mutta pääsi taas mukaan Porfirio Lobo Sosan voitettua vaalit, joita kuitenkin osa valtioista piti laittomina.