Ihmisen mikrobisto koostuu kaikista ihmisessä asuvista mikrobeista. Niihin kuuluu bakteereja, arkeoneja ja aitotumaisia sekä myös viruksia ja bakteriofageja. Suurimman ja monipuolisimman ryhmän ihmisen mikrobistossa muodostavat bakteerit. Arkeoneja on löydetty ainakin kolmea eri lajia. Aitotumaisia ja viruksia on lajimääräisesti ilmeisesti vain vähän. On myös arveltu, että bakteriofageja saattaa ihmisessä olla enemmän kuin bakteereja.[1]
Suurin osa ihmisen mikrobistosta elää suolistossa. Nykyisen käsityksen mukaan keskikokoisessa ihmisessä on keskimäärin 200 grammaa bakteereita, lukumäärällisesti mitattuna yhtä paljon kuin ihmissoluja.[2][3][4] Vanhemman arvion mukaan ihmisen suolistossa bakteereita elää peräti 1,5 kilogrammaa.[5]