John Anthony Dooher (s. 3. toukokuuta 1943 Dorchester) on yhdysvaltalainen roomalaiskatolinen piispa. Hänet vihki papiksi Bostonin arkkihiippakuntaan Richard James Cushing 21. toukokuuta 1969. Hänet nimitettiin Bostonin vihkipiispaksi sekä Thevesten titulaaripiispaksi 12. lokakuuta 2006, ja piispaksi vihkiminen seurasi 12. joulukuuta. Pääkonsekraattorina toimi Sean Patrick O'Malley, jota avustivat Francis Xavier Irwin ja Walter James Edyvean.[1]