Juupajoen seurakunta oli luterilainen seurakunta vuosina 1904–2007. Sitä ennen vuodesta 1860 oli Juupajoella Oriveden seurakunnan alainen rukoushuonekunta nimeltä Juupa, joka sai ensimmäisen oman kirkkoherran vuonna 1914[1]. Nykyään Juupajoella on Oriveden seurakunnan kappeliseurakunta. Alueella on vonna 1842 valmistunut kansanmiesten rakentama kahdeksankulmainen 420 henkeä vetävä Juupajoen puukirkko[2], joka on avoinna sovitusti[3]. Siellä on myös vuonna 1966 rakennettu seurakuntatalo, jossa on Kangasalan Urkutehtaan toimittamat viisiäänikertaiset urut[2] Vanha pappila on nykyään yksityiskäytössä[2]. Juupajoen alueella on erikseen Korkeakosken kylässä pieni Korkeakosken kirkko[4].