Komentaja on perusyksikköä, esimerkiksi komppaniaa, patteria tai viirikköä, suurempaa yksikköä, johtavan (komentavan) upseerin nimitys. Pataljoonaa, patteristoa tai rykmenttiä johtava upseeri on komentaja, samoin myös näitä suurempia yksiköitä; prikaateja, divisioonia, armeijakuntia tai armeijoita johtavat.
Suomen puolustusvoimissa myös puolustushaaran johdossa olevaa upseeria kutsutaan komentajaksi (meri-, ilma- ja maavoimien komentajat). Näistä maavoimien komentaja on tehtävänä suhteellisen uusi.
Komentaja on myös suomalainen sotilasarvo merivoimissa, joka vastaa everstiluutnantin arvoa maa- ja ilmavoimissa.