Messinian suolakriisiksi kutsutaan noin 5,9 miljoonaa vuotta sitten alkanutta ja 5,3 miljoonaa vuotta sitten päättynyttä ajanjaksoa, jolloin Välimeri kutistui haihtumisen vuoksi ja sen pohjaan muodostui suolakerrostuma, joka on paksuimmillaan kolme kilometriä. Pienimmillään Välimeri oli ajanjakson puolivälissä 5,6 miljoonaa vuotta sitten.[1]
Tutkijat eivät ole yksimielisiä suolakriisin syistä, mutta pääasialliset selitysteoriat perustuvat siihen, että Gibraltarinsalmi sulkeutui laattatektoniikan seurauksena, jolloin virtaus Atlantin valtamerestä pysähtyi. Välimereen laskevat joet eivät kyenneet korvaamaan siitä haihtuvaa vettä. Samaan aikaan ilmaston lämpeneminen ja viileneminen muun muassa Milankovićin jaksojen vaikutuksesta hidasti tai nopeutti haihtumista ja aiheutti merenpinnan vuorottaisen laskemisen ja nousemisen.[1]
Merenpinnan laskun ja veden suolaantumisen seurauksena liki kaikki eliölajit kuolivat Välimerestä. Toisaalta merenpinnan lasku muodosti Afrikan ja Euroopan välille maareitin, jota pitkin maalla eläneet lajit pystyivät liikkumaan mantereiden välillä. Kun merenpinta jälleen nousi, osa eläimistä jäi jumiin Välimeren saarille ja Fosterin säännön mukaan pienet lajit kehittyivät suuremmiksi ja suuremmat kutistuivat. Näin syntyi muun muassa kreetankääpiövirtahepo.[1]
Messinian suolakriisi päättyi Zanklen tulvaan, kun Gibraltarinsalmi jälleen aukesi. Vettä virtasi satamiljoonaa kuutiometriä sekunnissa eli tuhannen Amazonin voimalla, ja Välimeri täyttyi uudelleen parissa vuodessa. Vesiyhteyden palattua Välimereen siirtyi myös Atlantin eliölajeja.[1]