Parhaan lyhytelokuvan Jussi on yksi suomalaisen elokuva-alan Jussi-palkinnoista, jonka jakoi vuoteen 1958 asti Elokuvajournalistit ja vuodesta 1963 alkaen Filmiaura. Lyhytelokuvista jaettiin Jussit vuosina 1946–1958, 1966–1980 ja 2018–. Vuosien 1958 ja 1966 välissä jaettiin kaksi kertaa parhaan tilauslyhytelokuvan Jussi sekä parhaan vapaa-aiheisen lyhytelokuvan Jussi vuosina 1963 ja 1964.