Pretoriaaniprefekti (lat. praefectus praetorio) oli Rooman valtakunnassa pretoriaanikaartin eli keisarin henkivartioston komentaja. Ajan myötä pretoriaaniprefektien virka muuttui valtakunnan tärkeimmäksi siviiliviraksi.
Keisari Augustus perusti viran vuonna 2 eaa. Pretoriaaniprefektien määrä vaihteli siten, että Augustuksen aikana heitä oli samaan aikaan kaksi, myöhemmin heitä saattoi olla kolme tai vain yksi. Pretoriaaniprefekti oli Aegyptuksen prefektin ohella korkein ja arvostetuin virka, johon Rooman ritarisäätyyn kuulunut henkilö saattoi päästä. Yksi pretoriaaniprefekteistä kuului keisarin neuvostoon (consilium) ja saattoi päästä senaatin jäseneksi.
Aluksi virka oli vain sotilaallinen, mutta pian prefekti sai myös siviilitehtäviä. Pretoriaaniprefektistä tuli korkein oikeusaste ennen itse keisaria. Virka vaatikin juridista osaamista, ja osa ajan tunnetuimmista alan asiantuntijoista palveli tässä tehtävässä. Diocletianuksen tetrarkian aikana pretoriaaniprefektejä oli neljä, yksi kutakin keisaria kohti. Konstantinus Suuren aikana pretoriaaniprefektin virka menetti kokonaan sotilaalliset tehtävänsä ja pretoriaaniprefektistä tulikin valtakunnan korkein siviilivirka. Tämän jälkeen pretoriaaniprefektit johtivat pretoriaaniprefektuureja.[1][2][3]