Punaisen Kuningattaren hypoteesi (engl. The Red Queen's Hypothesis, Red Queen, Red Queen's race ja Red Queen Effect) on evoluutioteoriassa käytetty malli, jolla selitetään kahta erilaista ilmiötä: sukupuolten evoluutiota sekä tilannetta, jossa kaksi saalistaja–saalis-suhteessa elävää lajia vaikuttavat toistensa evoluutioon niin että seuraukseksi syntyy koevoluutiota.
Termi viittaa Lewis Carrollin kirjaan Liisan seikkailut peilimaailmassa, jossa Punaisen Kuningattaren on juostava kaikin voimin, jotta pysyisi paikallaan.