Samuel Pepys (23. helmikuuta 1633 Lontoo – 26. toukokuuta 1703 Lontoo)[1] oli englantilainen amiraliteetin eli laivastoministeriön virkamies[2] ja parlamentaarikko. Hänet tunnetaan erityisesti päiväkirjoistaan.
Pepys kirjoitti eräänlaisella pikakirjoituksella äärimmäisen pikkutarkkaa, avomielistä ja kulttuurihistoriallisesti arvokasta päiväkirjaa vuosina 1660–1669. Osa päiväkirjoista on julkaistu suomeksi vuonna 1966. Pepys lopetti kirjoittamisen sokeutumisen pelossa, mutta ei koskaan menettänyt näköään.[1]
Pepys oli Royal Societyn puheenjohtaja vuosina 1684–1686.[1]