Tarton piispat johtivat Viron ensimmäistä katolista piispanistuinta. Tarton hiippakunnan perusti 1211 Riian piispa. Piispanistuimen ensimmäinen paikka sijaitsi Länsi-Virossa, Lihulassa. Riian piispan ja kalpaveljien (Liivinmaan ritarikunnan) suurmestarin, Albert von Buxhövdenin veli, Herman von Buxhövden otti liivinmaalaisritareiden avulla haltuunsa Etelä-Viron 1224 ja siirsi piispanistuimen Tarttoon Ugandin maakuntaan. Hänen johtamanaan liiviläisritarit hävisivät Peipsijärven taistelun eikä laajeneminen itään toteutunut.
Tarton hiippakunta säilyi katolisena ruhtinaskuntana vuoteen 1558, jolloin Venäjä valtasi alueen.