1500-luvun alussa, unioniriitojen yhteydessä tanskalaiset hävittivät kaupunkia kahdesti, vuonna 1509 Otto Rudin johdolla ja 1522 amiraali Sören Norbyn johdolla.[1] Kalmarin unioniin liittynyt tanskalaisten valta päättyi ja Kustaa Vaasan valta alkoi Turussa syksyllä 1523, kun Eerik Flemingin johtamat joukot löivät tanskalaiset Kupittaalla ja kaupungin keskustassa käydyissä taisteluissa sekä myöhemmin Kuusiston linnassa.