Vaterin ampulla (lat. ampulla Vateri) tai hepatopankreaattinen ampulla (lat. ampulla hepatopancreatica) on anatominen laajentuma, joka muodostuu sapenjohtimen (ductus choledochus) ja haimatiehyen (ductus pancreaticus) yhtymäkohtaan. Vaterin ampulla avautuu pohjukaissuolen seinämään, jossa sen avautumiskohtaa kutsutaan pohjukaissuolen nystyksi (papilla duodeni major). Pohjukaissuolen nystyssä sijaitsee Oddin sulkijalihas (sphincter Oddi), jonka läpi sapenjohdin ja haimatiehyt kulkevat. Oddin sulkijalihas säätelee sapen ja haimanesteiden pääsyä suoleen.