Jefferson City (upprunaliga City of Jefferson, stytt: Jeff) er høvuðsstaður í amerikanska stakríkinum Missouri.
Býurin, sum liggur mitt í Missouri, var 15. størsti býur í stakríkinum í 2010 og hevði umleið 42.800 íbugvar í 2018.[1][2] Áin Missouri rennur tætt framvið býinum.
Jefferson City er uppkallaður eftir Thomas Jefferson, sum var triði forsetin í USA.